当前国内流域农村非点源污染覆盖面广、污染严重，治理形势严峻，急需系统、科学的流域非点源污染评估作为依据，制定合理、有效的工程和非工程治理措施。受降雨径流不确定和非点源污染物来源分散的影响，流域农村非点源污染具有影响因素众多、机理复杂、随机性强、分布广、潜伏性强、难以估算、难以集中末端处理等特点，使得流域农村非点源污染机理复杂，评估和治理难度大。本文开展了流域农村尺度农村非点源污染评估方法与应用基础研究，对评估工作的总体架构(包括原则、内容、方法等)、流域农村非点源污染负荷模拟、流域水质评价等流域水污染评估的几个关键问题进行研究，并提出了相应的方法。作为案例研究，对研究区农村非点源污染现状和原因进行评估，确定了研究区的主要污染源、主要污染物和重点治理区域的空间分布，为研究区流域非点源污染的工程和非工程治理措施的建立提供了科学依据。同时，通过在研究区的应用，对所提出的几种方法进行效果验证。本研究对促进国内流域尺度农村非点源污染评估的研究具有一定学术和应用价值。